日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生某日她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代时狼烟四起妖怪横行世间大地生灵涂炭戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉50年前意欲变成真正妖怪的犬夜叉为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗经过一段时间相处两人之间产生了感情犬夜叉因此希望变成人类而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活然而对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪继而转生变成邪恶的半妖奈落在他的一番挑拨下犬夜叉被桔梗封印在神木之上重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去 　　桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉却不慎将四魂之玉射成碎片为了找回碎片她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……